《梦中的那片海》的故事在新年的欢笑声中落下帷幕,肖春生(肖战 饰)坚守内心的英雄主义,用工厂生产支援国家;佟晓梅(李沁 饰)苦尽甘来,与挚爱之人相伴余生;叶国华(刘芮麟 饰)和贺红玲(曹斐然 饰)最终选择了分离,去追寻各自的初心与梦想;叶芳(赵昕 饰)也找到了真正志同道合的人生伴侣,陈宏军(崔航 饰)也终于为自己的所作所为付出代价。至此,剧中人物跨越三十年的成长经历告一段落,他们也随着社会的飞速发展,迈入新的时代篇章。另一方面,柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时,柯南接到来自冲矢昂(赤井秀一)的电话,被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相,柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中,进入设施内部。之后,在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内,发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架,而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里……